随着企业内部控制规范体系建立和实施，内部控制在现代企业生产经营活动中发择着越来越重要的作用。但是，任何事物都不可能是尽善尽美的,内部控制也存在其固有的局限性，其局限性体现在只能为控制目标的实现提供合理保证而不能提供绝对保证。一般而言，内部控制的局限性可以概括为以下四个方面。

（一）设计限制与制度缺憾

任何内部控制系统都是人设计的，因为受设计人经验、水平、能力的限制，设计出来的内部控制制度往往会有这样或那样的缺陷。现实中，天衣无缝的内部控制是不存在的。

（二）越权管理与人为错误

任何合理完善的内部控制系统，都可能会因企业行使控制职能的管理人员越权管理、无视规定而破坏;即使是设计完美的内部控制制度，也可能因为执行人员的粗心大意、精力分散、判断失误以及对指令的误解而失效。

(三）滥用职权与串通舞弊

如果企业行使控制职能的管理人员滥用职权、营私舞弊，就会导致内部控制系统丧失其应有的效能;如果企业内部不相容职务的人员相互串通作弊，与此相关的内部控制就会失去作用。

(四）环境变化与例外事项

企业的内外环境是动态的、变化的，而内部控制体系的设计与运行具有一定的稳定性。因此,一个良好的内部控制系统往往会因为内外环境的变化而使原有功能得到削弱。另外，内部控制一般都是针对经常且重复发生的业务而设置的，因此，如果出现不经常发生或未预料到的例外事项，原有的控制就有可能鞭长莫及,使内部控制失去应有的控制力。